基层农发行在支持“三农”发展的实践中，形成了一套完整有效的工作机制，但在支持产业兴旺方面仍面临不少外部问题和内部难点。
一、涉农企业不符合贷款条件。有的涉农民营小微企业管理不规范，没有建立完善的管理制度，没有规范的财务报表，没有熟悉融资业务的专业人员。有的涉农民营企业缺乏足够的担保实力，很多企业既无足额的有效资产抵押，也无专业担保公司愿意提供保证担保，贷款难问题难以破解。
二、涉农企业贷款风险较大。涉农企业在增加产品供给、解决就业方面作出了突出贡献，但多数涉农民营企业实力较弱，技术含量不高，品牌效益较差，市场占有率较低，生命周期较短，企业成长期较长而成熟期较短，有的甚至谈不上成熟期就在市场竞争中“陨落”，风险较大，如孝感市分行近年来产生的不良贷款，均出现在粮食加工业和养殖业。信贷风险防控压力巨大，在 “敢为”与“能为”上，基层农发行面临“两难”抉择。
三、县域同业竞争比较激烈。县域内银行业金融机构较多，既有工农中建交和邮储银行等国有大型银行分支机构，也有农商行等地方法人银行分支机构，还有村镇银行、小额贷款公司等小型金融机构，众多银行争食一块“蛋糕”，成熟客户或黄金客户基本上都已是各家银行的“囊中之物”，而新开办企业客户准入和信贷支持条件不具备。要“争食”甚至“抢食”蛋糕，各家银行相互之间比金融产品、比营销手段、比银行服务、比技术支撑，基层农发行在这些方面均不同程度的存在短板和弱项。
四、基层农发行创新转型意识和能力不强。过去相当长时间里，基层农发行着力支持政府融资平台建设，形成了信贷业务的路径依赖。有的员工还念念不忘过去做政府融资平台项目的“辉煌历史”，尚未摆脱这些思想的影响和束缚，导致观念僵化落后，工作上无所作为，具体表现在：有的员工对业务转型发展、创新发展有顾虑，对支持民营企业、农业产业存在畏难情绪，害怕出风险，不愿担责任。有的员工在业务知识储备和业务创新能力不足，没有跳出思维定式，对办理企业流动资金贷款，对以PPP模式或自营模式开展信贷业务无能为力，无处下手。有的员工认为涉农企业贷款额度小，对银行经营效益的贡献微乎其微，与其劳神费力做几家涉农企业，不如集中力量做一个大项目。
